<div dir="ltr">You guessed it right. I missed the "e" part.<div>Thanks again!</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Mar 1, 2023 at 10:01 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Prathvi,<br>
Actually all of the values are the same between Chimera and ChimeraX, up to a few digits after the decimal due to small rounding differences.  The ones you are looking at are exponentially small and would round to zero -- you probably just didn't see the "e" part of the number.<br>
<br>
For example, residues 10-20 from Chimera (including your example residue 18):<br>
<br>
        :10.A   75.444729387760162<br>
        :11.A   60.271224021911621<br>
        :12.A   78.07588455080986<br>
        :13.A   98.425362586975098<br>
        :14.A   0.048496511066332459<br>
        :15.A   36.617062151432037<br>
        :16.A   71.055649171234109<br>
        :17.A   58.565219432115555<br>
        :18.A   0.0<br>
        :19.A   98.871001124382019<br>
        :20.A   120.25633132457733<br>
<br>
Compare to values for residues 10-20 from ChimeraX:<br>
<br>
residue id /A:10 area 75.44474043673931 index 9<br>
residue id /A:11 area 60.27123586914773 index 10<br>
residue id /A:12 area 78.07587694199468 index 11<br>
residue id /A:13 area 98.42534378238655 index 12<br>
residue id /A:14 area 0.048495996331269 index 13<br>
residue id /A:15 area 36.617058903269864 index 14<br>
residue id /A:16 area 71.05562083968395 index 15<br>
residue id /A:17 area 58.56521161974685 index 16<br>
residue id /A:18 area -2.842170943040401e-14 index 17<br>
residue id /A:19 area 98.87095424593323 index 18<br>
residue id /A:20 area 120.25635353116752 index 19<br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Feb 28, 2023, at 11:10 PM, Prathvi Singh via ChimeraX-users <<a href="mailto:chimerax-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimerax-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hi Elaine,<br>
> I compared the SASA values generated by chimera and chimeraX for a few PDB files and I noticed that whenever the SASA value of a residue is reported to be zero by chimera, the same residue's SASA value is reported to be -1.42 by chimeraX. Few examples are 18.A and 38.A of the PDB ID 1A62.<br>
> <br>
> Method used to calculate SASA of residues in chimera: Tools > Structure analysis > Render by attribute<br>
> Method used to calculate SASA of residues in chimeraX: I ran the following commands: measure sasa protein;info residues attribute area<br>
> <br>
> Why is this happening? Kindly help.<br>
> <br>
<br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Prathvi Singh,<div>Research Fellow,<br><div>Department of Biological Sciences & Bioengineering,</div><div>Indian Institute of Technology, Kanpur-208016</div></div></div></div></div></div>