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<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>

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<body dir="ltr">

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

Hi,</div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof ContentPasted1 ContentPasted2">

I am trying do "matchmaker #2 to #1" between colab output ( best_model.pdb which is pasted here at

<a href="http://ix.io/4rRO" id="LPlnk329365">http://ix.io/4rRO</a> ) and <a href="https://www.rcsb.org/structure/7CR5" id="LPNoLPOWALinkPreview">

https://www.rcsb.org/structure/7CR5</a></div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof ContentPasted1 ContentPasted2">

 <br>

</div>

<div class="_Entity _EType_OWALinkPreview _EId_OWALinkPreview _EReadonly_1"></div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof ContentPasted3">

However, as seen in <a href="https://i.imgur.com/gHL8to3.png" id="LPlnkOWALinkPreview_1">

https://i.imgur.com/gHL8to3.png</a> , there is not really much visual overlapping since the structures are not rotated properly to match each other.<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof ContentPasted4">

The log for doing matchmaker command is available here at <a href="https://i.imgur.com/78h5CLq.png" id="LPlnkOWALinkPreview_1">

https://i.imgur.com/78h5CLq.png</a><br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof ContentPasted0">

The colab notebook is also saved as a screenshot here at <a href="https://i.imgur.com/LSTdyZe.png" id="LPlnkOWALinkPreview">

https://i.imgur.com/LSTdyZe.png</a></div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof ContentPasted0">

<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof ContentPasted0 ContentPasted5">

Manually doing "turn z 1 270 model #1 center #1" or similar rotations commands also do not help.<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof ContentPasted0">

Please advise.<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);">

<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

Regards,</div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

Phung Cheng Fei<br>

</div>

</body>

</html>