<div dir="ltr">... huh. Looking at it again, it seems to me that AlphaFold has predicted the antibody heavy chain in the light chain conformation and vice versa. If you force it to align (predicted heavy) to (experimental light) with "match #2/D to #1/H" then all four antibody domains align reasonably well. Seems like a failure on AlphaFold's part (and one I haven't seen before).</div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, Mar 26, 2023 at 1:37 PM Cheng Fei Phung via ChimeraX-users <<a href="mailto:chimerax-users@cgl.ucsf.edu">chimerax-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="msg478550025460363679">




<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Hi,</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
I am trying do "matchmaker #2 to #1" between colab output ( best_model.pdb which is pasted here at
<a href="http://ix.io/4rRO" id="m_478550025460363679LPlnk329365" target="_blank">http://ix.io/4rRO</a> ) and <a href="https://www.rcsb.org/structure/7CR5" id="m_478550025460363679LPNoLPOWALinkPreview" target="_blank">
https://www.rcsb.org/structure/7CR5</a></div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
 <br>
</div>
<div></div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
However, as seen in <a href="https://i.imgur.com/gHL8to3.png" id="m_478550025460363679LPlnkOWALinkPreview_1" target="_blank">
https://i.imgur.com/gHL8to3.png</a> , there is not really much visual overlapping since the structures are not rotated properly to match each other.<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
The log for doing matchmaker command is available here at <a href="https://i.imgur.com/78h5CLq.png" id="m_478550025460363679LPlnkOWALinkPreview_1" target="_blank">
https://i.imgur.com/78h5CLq.png</a><br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
The colab notebook is also saved as a screenshot here at <a href="https://i.imgur.com/LSTdyZe.png" id="m_478550025460363679LPlnkOWALinkPreview" target="_blank">
https://i.imgur.com/LSTdyZe.png</a></div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Manually doing "turn z 1 270 model #1 center #1" or similar rotations commands also do not help.<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Please advise.<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Regards,</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Phung Cheng Fei<br>
</div>
</div>

_______________________________________________<br>
ChimeraX-users mailing list<br>
<a href="mailto:ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
Manage subscription:<br>
<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users</a><br>
</div></blockquote></div>