<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,sans-serif">It seems that the problem could be with trying to align each of the entire complexes. Predictive models of structures with multiple protein chains can have a difficult time with finding the correct interactions between chains.</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,sans-serif">Have you tried the 3D alignment with each of the corresponding 3 chains? I took the A-chain of 7cr5 and did a 3D alignment with the B chain of 4rR0 using Sheba in Yasara and got a Calpha RMSD of 1.094 A over 111 aligned residues with 100.0% similarity. I have attached a PDB file of the aligned structures.</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,sans-serif">Best regards,</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,sans-serif">R.J. Richardson</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,sans-serif"><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, Mar 26, 2023 at 8:38 AM Cheng Fei Phung via ChimeraX-users <<a href="mailto:chimerax-users@cgl.ucsf.edu">chimerax-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="msg-545654020409776840">




<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Hi,</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
I am trying do "matchmaker #2 to #1" between colab output ( best_model.pdb which is pasted here at
<a href="http://ix.io/4rRO" id="m_-545654020409776840LPlnk329365" target="_blank">http://ix.io/4rRO</a> ) and <a href="https://www.rcsb.org/structure/7CR5" id="m_-545654020409776840LPNoLPOWALinkPreview" target="_blank">
https://www.rcsb.org/structure/7CR5</a></div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
 <br>
</div>
<div></div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
However, as seen in <a href="https://i.imgur.com/gHL8to3.png" id="m_-545654020409776840LPlnkOWALinkPreview_1" target="_blank">
https://i.imgur.com/gHL8to3.png</a> , there is not really much visual overlapping since the structures are not rotated properly to match each other.<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
The log for doing matchmaker command is available here at <a href="https://i.imgur.com/78h5CLq.png" id="m_-545654020409776840LPlnkOWALinkPreview_1" target="_blank">
https://i.imgur.com/78h5CLq.png</a><br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
The colab notebook is also saved as a screenshot here at <a href="https://i.imgur.com/LSTdyZe.png" id="m_-545654020409776840LPlnkOWALinkPreview" target="_blank">
https://i.imgur.com/LSTdyZe.png</a></div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Manually doing "turn z 1 270 model #1 center #1" or similar rotations commands also do not help.<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Please advise.<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Regards,</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Phung Cheng Fei<br>
</div>
</div>

_______________________________________________<br>
ChimeraX-users mailing list<br>
<a href="mailto:ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
Manage subscription:<br>
<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users</a><br>
</div></blockquote></div>