<div dir="auto">Yes - I just had the models opened in the opposite order to you.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Ultimately, it seems to me that the problem here is that you’re asking for something impossible: a good overall structural alignment between two models that are fundamentally different. A rigid body alignment can only rotate and translate one model to overlay the other. If the two models are in very different conformations you have two choices: (a) get a bad overall all-atom alignment, or (b) try to find the biggest piece that *does* align well and just align that. By default MatchMaker takes the latter approach, which is why when you use it on your two models it ends up aligning just the antigen-binding region of the antibody fragment at the expense of everything else - that’s the biggest part of the two models that *can* be aligned well. </div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">If you really want approach (a) you could use MatchMaker with the argument “cutOff None”, in which case it will try to find the best-aligning whole chain and align on that. You can also specify exactly which pair of chains you want to align on, as per the example in my previous email. Ultimately, though, nothing you do here is going to turn a bad AlphaFold prediction into a good one.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">— Tristan</div><div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, 26 Mar 2023 at 22:43, Cheng Fei Phung <<a href="mailto:feiphung@hotmail.com">feiphung@hotmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;padding-left:1ex;border-left-color:rgb(204,204,204)">




<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(0,0,0)">
Hi Tristan Croll,</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(0,0,0)">
I presume that you meant "match #2/H to #1/D" and "match #2/L to #1/C" instead?<br>
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(0,0,0)">
See <a href="https://i.imgur.com/dXCzuIP.png" id="m_-5578137126531431629LPlnkOWALinkPreview" target="_blank" style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif">https://i.imgur.com/dXCzuIP.png</a> and
<a href="https://i.imgur.com/VbKhKCd.png" id="m_-5578137126531431629LPlnkOWALinkPreview_1" target="_blank" style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif">https://i.imgur.com/VbKhKCd.png</a><br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(0,0,0)">
Regards,</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(0,0,0)">
Phung Cheng Fei<br>
</div>
<div id="m_-5578137126531431629appendonsend"></div>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="m_-5578137126531431629divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(0,0,0)"><b style="font-family:Calibri,sans-serif">From:</b> Tristan Croll <<a href="mailto:tcroll@altoslabs.com" target="_blank" style="font-family:Calibri,sans-serif">tcroll@altoslabs.com</a>><br>
<b style="font-family:Calibri,sans-serif">Sent:</b> Monday, March 27, 2023 1:10 AM</font></div></div><div dir="ltr"><div id="m_-5578137126531431629divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(0,0,0)"><br>
<b style="font-family:Calibri,sans-serif">To:</b> Cheng Fei Phung <<a href="mailto:feiphung@hotmail.com" target="_blank" style="font-family:Calibri,sans-serif">feiphung@hotmail.com</a>><br>
<b style="font-family:Calibri,sans-serif">Cc:</b> <a href="mailto:chimerax-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank" style="font-family:Calibri,sans-serif">chimerax-users@cgl.ucsf.edu</a> <<a href="mailto:chimerax-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank" style="font-family:Calibri,sans-serif">chimerax-users@cgl.ucsf.edu</a>><br>
<b style="font-family:Calibri,sans-serif">Subject:</b> Re: [chimerax-users] AlphaFold best_model.pdb could not visually overlap the input sequence using matchmaker</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">... huh. Looking at it again, it seems to me that AlphaFold has predicted the antibody heavy chain in the light chain conformation and vice versa. If you force it to align (predicted heavy) to (experimental light) with "match #2/D to #1/H" then
 all four antibody domains align reasonably well. Seems like a failure on AlphaFold's part (and one I haven't seen before).</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">On Sun, Mar 26, 2023 at 1:37 PM Cheng Fei Phung via ChimeraX-users <<a href="mailto:chimerax-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimerax-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;padding-left:1ex;border-left-color:rgb(204,204,204)">
<div>
<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(0,0,0)">
Hi,</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(0,0,0)">
I am trying do "matchmaker #2 to #1" between colab output ( best_model.pdb which is pasted here at
<a href="http://ix.io/4rRO" id="m_-5578137126531431629x_m_478550025460363679LPlnk329365" target="_blank" style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif">
http://ix.io/4rRO</a> ) and <a href="https://www.rcsb.org/structure/7CR5" id="m_-5578137126531431629x_m_478550025460363679LPNoLPOWALinkPreview" target="_blank" style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif">
https://www.rcsb.org/structure/7CR5</a></div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(0,0,0)">
 <br>
</div>
<div></div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(0,0,0)">
However, as seen in <a href="https://i.imgur.com/gHL8to3.png" id="m_-5578137126531431629x_m_478550025460363679LPlnkOWALinkPreview_1" target="_blank" style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif">
https://i.imgur.com/gHL8to3.png</a> , there is not really much visual overlapping since the structures are not rotated properly to match each other.<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(0,0,0)">
The log for doing matchmaker command is available here at <a href="https://i.imgur.com/78h5CLq.png" id="m_-5578137126531431629x_m_478550025460363679LPlnkOWALinkPreview_1" target="_blank" style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif">
https://i.imgur.com/78h5CLq.png</a><br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(0,0,0)">
The colab notebook is also saved as a screenshot here at <a href="https://i.imgur.com/LSTdyZe.png" id="m_-5578137126531431629x_m_478550025460363679LPlnkOWALinkPreview" target="_blank" style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif">
https://i.imgur.com/LSTdyZe.png</a></div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(0,0,0)">
Manually doing "turn z 1 270 model #1 center #1" or similar rotations commands also do not help.<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(0,0,0)">
Please advise.<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(0,0,0)">
Regards,</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(0,0,0)">
Phung Cheng Fei<br>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
ChimeraX-users mailing list<br>
<a href="mailto:ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
Manage subscription:<br>
<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users</a><br>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div></div>