<div dir="ltr">I was *going* to say there's a (slightly hacky) way to do this with ISOLDE, but it currently only works for residues for which ISOLDE has an MD parameterisation (and it doesn't for KCX - will try to remedy that). If it did, though:<div><br></div><div>setattr #1/a:9 res name KCX</div><div><br></div><div>del #1/a:9@HZ1,HZ2,HZ3</div><div><br></div><div># (to ensure that it's not recognised as a normal lysine residue)</div><div><br></div><div>... then open ISOLDE's unparameterised residues widget and let it fill in the missing atoms.</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Apr 11, 2023 at 3:35 PM Guillaume Gaullier via ChimeraX-users <<a href="mailto:chimerax-users@cgl.ucsf.edu">chimerax-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hello chimerax-users,<br>
<br>
I am trying to model a PTM, and the most sensible way to me seems to use the swapaa command and specify the sensible monomer from the PDB Chemical Component Dictionary as the target residue.<br>
<br>
Here is what I tried (residue #1/a:9 is a Lys):<br>
<br>
open 1kx5<br>
swapaa #1/a:9 KCX<br>
<br>
And the error I got: Dynameomics rotamer library does not support KCX<br>
<br>
I tried all the rotamer libraries listed in the swapaa help page ( <a href="https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/swapaa.html#rotLib" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/swapaa.html#rotLib</a> ), but none of them can provide stereochemical info for KCX.<br>
<br>
I can open the monomer I want (carbamylated Lys) with: open ccd:KCX<br>
But of course in this case it’s floating by itself as a new model, not incorporated in the protein sequence and structure I am interested in.<br>
<br>
Is this the correct way to model a PTM? If it is, where can I find a rotamer library that will contain the stereochemical info for KCX, and how do I tell ChimeraX to use it? If it is not how modelling a PTM is done, then how else should I do this?<br>
<br>
Thank you in advance,<br>
<br>
Guillaume<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
När du har kontakt med oss på Uppsala universitet med e-post så innebär det att vi behandlar dina personuppgifter. För att läsa mer om hur vi gör det kan du läsa här: <a href="http://www.uu.se/om-uu/dataskydd-personuppgifter/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.uu.se/om-uu/dataskydd-personuppgifter/</a><br>
<br>
E-mailing Uppsala University means that we will process your personal data. For more information on how this is performed, please read here: <a href="http://www.uu.se/en/about-uu/data-protection-policy" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.uu.se/en/about-uu/data-protection-policy</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
ChimeraX-users mailing list<br>
<a href="mailto:ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
Manage subscription:<br>
<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users</a><br>
</blockquote></div>