<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Many thanks, Tom.</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">I watched your lots of "youtube". It is great to learn and use ChimeraX. I tried unifold.ipynb (online), but, un-luck, failed several times with paid program. Interestingly, I failed several times to use alphafold2.ipynb (online); but I used ChimeraX with Alphafold successfully for complex prediction. </div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">In addition, I was told that RoseTTAFold (Linux) could use for complex prediction. I am installing RoseTTAFold in Linux. Again, I filed several times to use RoseTTAFold.ipynb (online). Actually, I do not understand why I always filed to use AlphaFold or RoseTTAFold online (.ipynb with the paid program, Pro+).</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Thank you again.</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Have a great day!</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Roger</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Roger Leng, </div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Faculty of Medicine,</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">University of Alberta,</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Canada</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Apr 12, 2023 at 4:05 PM Tom Goddard <<a href="mailto:goddard@sonic.net">goddard@sonic.net</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>Hi Roger,<div><br></div><div>  Unifold looks interesting.</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">    </span><a href="https://github.com/dptech-corp/Uni-Fold" target="_blank">https://github.com/dptech-corp/Uni-Fold</a></div><div><br></div><div>It is an open source reimplementation of AlphaFold using the PyTorch machine learning framework done by a China-based company called DPTech (<a href="https://www.dptech.com/" target="_blank">https://www.dptech.com/</a>).  From reading the github page it sounds like one of its main advantages over AlphaFold is that the training code and protocol is all open source.  Code for the training of AlphaFold was never made available as far as I know.</div><div><br></div><div>  That is all nice, but what are the best reasons for our UCSF lab to try to offer this in ChimeraX?  The ChimeraX AlphaFold user interface took about 2 months of development with ongoing maintenance.  I'd estimate the cost so far at $30,000.  ChimeraX is funded by NIH grants.  Is it worth expending similar resources to implement and maintain an interface to UniFold?</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">  </span>Tom</div><div><br><div><br><blockquote type="cite"><div>On Apr 12, 2023, at 2:24 PM, Roger Leng via ChimeraX-users <<a href="mailto:chimerax-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimerax-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:</div><br><div><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Dear Administrators,</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Is it possible to add "unifold" in your prediction, just like Alphafold?</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Thank you.</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Sincerely,</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Roger Leng</div></div>
_______________________________________________<br>ChimeraX-users mailing list<br><a href="mailto:ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu</a><br>Manage subscription:<br><a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users</a><br></div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div>