<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">Dear developers,</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">I am trying to compare the center of mass of multiple cryo-EM maps and models. The receptor is the same in all cases, just the ligand bound in the binding pocket varies. I want to show a directionality to how the ligands are binding in the pocket between the structures, so I have aligned the maps and models together and am attempting to run "measure center" and "measure inertia" to initiate this comparison. However, when I run these commands, the output markers and ellipsoids are not positioned in an aligned fashion as their parent objects, but rather in there initial positions before alignment, which is not useful for comparisons of the subtle movements between structures.</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">Additionally, if I could get the measurements to work on the aligned structures, is there a tool in ChimeraX that would allow me to draw vectors from a reference point to the center of masses? Furthermore, is center of mass the correct parameter for comparison of densities that are variable in shape? (e.g. comparing the relative position of a long and flat density to a short a globular density?) </div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">Thank you!</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">Sincerely, </div><div><br></div><span class="gmail_signature_prefix">-- </span><br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font face="tahoma, sans-serif">Kevin C. Felt</font><div><font face="tahoma, sans-serif">PhD Candidate - Chakrapani Lab<br></font><div><font face="tahoma, sans-serif">Department of Physiology and Biophysics </font></div></div><div><font face="tahoma, sans-serif">School of Medicine </font></div><div><font face="tahoma, sans-serif">Case Western Reserve University</font></div></div></div></div></div></div></div>