
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>

</head>

<body dir="ltr">

<div style="font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 10pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

Dear ChimeraX,</div>

<div style="font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 10pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

<br>

</div>

<div style="font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 10pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

Is there any way to select one individual glycan on a crystal structure?</div>

<div style="font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 10pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

<br>

</div>

<div style="font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 10pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

The crystal structures I'm working with have multiple domains, each with glycans. I want to annotate the glycan per domain (every domain & glycan in a specific color). However, I can't edit individual glycan structures. The glycans are grouped under Non-standard

 residues, e.g. MAN, NAG, ... However, when selecting e.g. MAN, all the MAN structures light up, which are found on all 3 domains. </div>

<div style="font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 10pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

An alternative would be using the sequence and annotating each individual sugar by using "select". However, these Non-standard residues are not in the sequence (they are when uploading this in Pymol), so I don't know a position to select them on. Is there a

 way to find the "sequence" for non-standard residues or any other way to annotate an individual glycan.</div>

<div class="elementToProof">

<div style="font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 10pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 10pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 10pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Thank you in advance,</div>

<div id="Signature">

<div>

<div style="font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 10pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<span style="font-size: 10pt;">Julie Van Coillie</span></div>

</div>

</div>

</div>

<br>

<br>

<STYLE="FONT-SIZE: 9pt;FONT-FAMILY:CourierNew?="">

<hr>

<font face="Calibri" size="3">Disclaimer: http://www.sanquin.nl/e-maildisclaimer</font>

<hr>

</body>

</html>