[Chimera-users] getting surface patches

[Diego Amaya]

Hello all,

I'm trying to get surface patches of PDB structures in VTK format. So I
want to define a patch as the set of atoms within a given radius of a
specific residue, build the surface corresponding to that patch and export
the result in VTK format. Additionally, I want to do all this with a python
script.

Here the code I'm trying but doesn't work :






*import pychimerapychimera.patch_environ()pychimera.enable_chimera()import
osimport chimerafrom chimera import runCommand as rc*

*list_resid = [31, 64]*















*radius = 3list_pdbs = ['ensayo.pdb']for resid in list_resid:    for line
in list_pdbs:        list_atoms = []        rc('open '+line)        rc('sel
:{} za<{}'.format(resid, radius))        for a in
chimera.selection.currentAtoms():
list_atoms.append('serialNumber=' + str(a.serialNumber))        sel_atoms =
' or '.join(list_atoms)        rc('surfcat patch @*/{}'.format(sel_atoms))
      rc('surface patch')        rc("export format VTK
{}_resid_{}_radius_{}.vtk".format(line[:-4], resid, radius))
    rc("close all")*

Thanks in advance for your help.

-- 
Diego A. Amaya Ramírez

-- 
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