[chimerax-users] Generating surfaces from a specific selection

[Diego Amaya]

Hello,

I have a pdb trajectory of 50 frames (in separated pdb files). I want to
generate only the solvent accessible surface around amino acid 31 within a
radius of 15 A. I want to use the same set of atoms when generating each
surface with respect to the first frame of the trajectory. I'm using the
python script here below but it doesn't work, I get a segmentation error in
the else block. It works if I use "*rc(session, 'surface zone #1.1
 nearAtoms :{} distance {}'.format(resid, radius))*" in the else block but
in that way I don't use exactly the same atoms each time. Any suggestions?

Thanks in advance.

Here the code :

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*from chimerax.core.commands import run as rcdef get_surfaces(resid,
radius):    from chimerax.core.commands import run as rc    from
chimerax.atomic import selected_atoms    with open('list_pdbs.txt', 'r') as
list_pdbs:        flag = 0        for pdb_file in list_pdbs:            if
flag == 0:                list_atoms = []                rc(session, 'open
' + pdb_file.strip())                rc(session, 'sel :{}
@<{}'.format(resid, radius))                cur_sel =
selected_atoms(session).unique_structures[0].atoms.serial_numbers
      for a in cur_sel:
list_atoms.append('@@serial_number='+str(a))                sel_atoms = ' |
'.join(list_atoms)                rc(session, 'surface #1 enclose #1')
          rc(session, 'surface zone #1.1  nearAtoms :{} distance
{}'.format(resid, radius))                rc(session, '~ribbon')
    rc(session, '~disp')                rc(session, "save
{}_resid_{}_radius_{}.stl format stl".format(pdb_file.strip()[:-4], resid,
radius))                rc(session, 'surface close')
rc(session, '~sel')                rc(session, "close all")
flag = 1            else:                rc(session, 'open ' +
pdb_file.strip())                rc(session, 'sel {}'.format(sel_atoms))
            rc(session, 'surface {} enclose #1'.format(sel_atoms))
      rc(session, '~ribbon')                rc(session, '~disp')
    rc(session, "save {}_resid_{}_radius_{}.stl format
stl".format(pdb_file.strip()[:-4], resid, radius))
rc(session, '~sel')                rc(session, 'surface close')
    rc(session, "close all")                resid = 31radius =
15get_surfaces(resid, radius)rc(session, "quit")*
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Diego A. Amaya Ramírez

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