[chimerax-users] distance between centers of mass using python API

[Eric Pettersen]

Hi Diego,
	Centroids are created as 'markers' and therefore are referred to in commands in the same way as atoms are.  So specifically, your first 'define' command creates a structure named AA1, with one residue named 'centroid', with one atom named 'cent'.  Therefore this command will create the distance:

	dist ##name=AA1 ##name=AA2

If you have exactly two of these centroids open, then this command will also do it:

	dist :centroid

Therefore, it might be easiest to not even give these centroids names but instead use two 'define' commands followed by 'dist :centroid' and then 'close :centroid'.

--Eric

	Eric Pettersen
	UCSF Computer Graphics Lab


> On Sep 6, 2021, at 10:14 AM, Diego Amaya via ChimeraX-users <chimerax-users at cgl.ucsf.edu> wrote:
> 
> Hello,
> 
> I'm trying to compute the distance between the centers of mass of two residues using the python API. I tried two different ways :
> 
> 1. 
> rc(session, 'define centroid :43 massWeighting  true name AA1')
> rc(session, 'define centroid :35 massWeighting  true name AA2')
> rc(session, 'distance AA1 AA2')
> 
> 2.
> rc(session, ' measure center :43 mark true name AA1')
> rc(session, 'measure center :35 mark true name AA2')
> rc(session, 'distance AA1 AA2')
> 
> But I get this error in the third line in both cases : 
> chimerax.core.errors.UserError: Missing or invalid "objects" argument: invalid objects specifier 
> 
> What is wrong ?
> 
> Thanks in advance.
> -- 
> Diego A. Amaya Ramírez
> 
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