[chimerax-users] distance between centers of mass using python API

[Diego Amaya]

Hi Eric,

thank you so much. Your suggestion works like a charm.

Best regards,

El mar, 7 sept 2021 a las 20:20, Eric Pettersen (<pett at cgl.ucsf.edu>)
escribió:

> Hi Diego,
> Centroids are created as 'markers' and therefore are referred to in
> commands in the same way as atoms are.  So specifically, your first
> 'define' command creates a structure named AA1, with one residue named
> 'centroid', with one atom named 'cent'.  Therefore this command will create
> the distance:
>
> dist ##name=AA1 ##name=AA2
>
> If you have exactly two of these centroids open, then this command will
> also do it:
>
> dist :centroid
>
> Therefore, it might be easiest to not even give these centroids names but
> instead use two 'define' commands followed by 'dist :centroid' and then
> 'close :centroid'.
>
> --Eric
>
> Eric Pettersen
> UCSF Computer Graphics Lab
>
>
> On Sep 6, 2021, at 10:14 AM, Diego Amaya via ChimeraX-users <
> chimerax-users at cgl.ucsf.edu> wrote:
>
> Hello,
>
> I'm trying to compute the distance between the centers of mass of two
> residues using the python API. I tried two different ways :
>
> 1.
>
>
> *rc(session, 'define centroid :43 massWeighting  true name
> AA1')rc(session, 'define centroid :35 massWeighting  true name
> AA2')rc(session, 'distance AA1 AA2') *
>
> 2.
>
>
> *rc(session, ' measure center :43 mark true name AA1')rc(session, 'measure
> center :35 mark true name AA2')rc(session, 'distance AA1 AA2')*
>
> But I get this error in the third line in both cases :
>
> *chimerax.core.errors.UserError: Missing or invalid "objects" argument:
> invalid objects specifier *
>
> What is wrong ?
>
> Thanks in advance.
> --
> Diego A. Amaya Ramírez
>
> *Aviso legal:* El contenido de este mensaje y los archivos adjuntos son
> confidenciales y de uso exclusivo de la Universidad Nacional de Colombia.
> Se encuentran dirigidos sólo para el uso del destinatario al cual van
> enviados. La reproducción, lectura y/o copia se encuentran prohibidas a
> cualquier persona diferente a este y puede ser ilegal. Si usted lo ha
> recibido por error, infórmenos y elimínelo de su correo. Los Datos
> Personales serán tratados conforme a la Ley 1581 de 2012 y a nuestra
> Política de Datos Personales que podrá consultar en la página web
> www.unal.edu.co. Las opiniones, informaciones, conclusiones y cualquier
> otro tipo de dato contenido en este correo electrónico, no relacionados con
> la actividad de la Universidad Nacional de Colombia, se entenderá como
> personales y de ninguna manera son avaladas por la Universidad.
> _______________________________________________
> ChimeraX-users mailing list
> ChimeraX-users at cgl.ucsf.edu
> Manage subscription:
> https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users
>
>
>

-- 
Diego A. Amaya Ramírez

-- 
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Se encuentran dirigidos sólo para el uso del destinatario al cual van 
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