[chimerax-users] distance between centers of mass using python API

[Diego Amaya]

Hi again Eric.

sorry, just one more question. How could I catch the value from
*rc(session,'dist
##name=AA1 ##name=AA2')* in a python variable ?

Thanks in advance.


El mié, 8 sept 2021 a las 11:07, Diego Amaya (<diaamayaram at unal.edu.co>)
escribió:

> Hi Eric,
>
> thank you so much. Your suggestion works like a charm.
>
> Best regards,
>
> El mar, 7 sept 2021 a las 20:20, Eric Pettersen (<pett at cgl.ucsf.edu>)
> escribió:
>
>> Hi Diego,
>> Centroids are created as 'markers' and therefore are referred to in
>> commands in the same way as atoms are.  So specifically, your first
>> 'define' command creates a structure named AA1, with one residue named
>> 'centroid', with one atom named 'cent'.  Therefore this command will create
>> the distance:
>>
>> dist ##name=AA1 ##name=AA2
>>
>> If you have exactly two of these centroids open, then this command will
>> also do it:
>>
>> dist :centroid
>>
>> Therefore, it might be easiest to not even give these centroids names but
>> instead use two 'define' commands followed by 'dist :centroid' and then
>> 'close :centroid'.
>>
>> --Eric
>>
>> Eric Pettersen
>> UCSF Computer Graphics Lab
>>
>>
>> On Sep 6, 2021, at 10:14 AM, Diego Amaya via ChimeraX-users <
>> chimerax-users at cgl.ucsf.edu> wrote:
>>
>> Hello,
>>
>> I'm trying to compute the distance between the centers of mass of two
>> residues using the python API. I tried two different ways :
>>
>> 1.
>>
>>
>> *rc(session, 'define centroid :43 massWeighting  true name
>> AA1')rc(session, 'define centroid :35 massWeighting  true name
>> AA2')rc(session, 'distance AA1 AA2') *
>>
>> 2.
>>
>>
>> *rc(session, ' measure center :43 mark true name AA1')rc(session,
>> 'measure center :35 mark true name AA2')rc(session, 'distance AA1 AA2')*
>>
>> But I get this error in the third line in both cases :
>>
>> *chimerax.core.errors.UserError: Missing or invalid "objects" argument:
>> invalid objects specifier *
>>
>> What is wrong ?
>>
>> Thanks in advance.
>> --
>> Diego A. Amaya Ramírez
>>
>> *Aviso legal:* El contenido de este mensaje y los archivos adjuntos son
>> confidenciales y de uso exclusivo de la Universidad Nacional de Colombia.
>> Se encuentran dirigidos sólo para el uso del destinatario al cual van
>> enviados. La reproducción, lectura y/o copia se encuentran prohibidas a
>> cualquier persona diferente a este y puede ser ilegal. Si usted lo ha
>> recibido por error, infórmenos y elimínelo de su correo. Los Datos
>> Personales serán tratados conforme a la Ley 1581 de 2012 y a nuestra
>> Política de Datos Personales que podrá consultar en la página web
>> www.unal.edu.co. Las opiniones, informaciones, conclusiones y cualquier
>> otro tipo de dato contenido en este correo electrónico, no relacionados con
>> la actividad de la Universidad Nacional de Colombia, se entenderá como
>> personales y de ninguna manera son avaladas por la Universidad.
>> _______________________________________________
>> ChimeraX-users mailing list
>> ChimeraX-users at cgl.ucsf.edu
>> Manage subscription:
>> https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users
>>
>>
>>
>
> --
> Diego A. Amaya Ramírez
>


-- 
Diego A. Amaya Ramírez

-- 
*Aviso legal:* El contenido de este mensaje y los archivos adjuntos son 
confidenciales y de uso exclusivo de la Universidad Nacional de Colombia. 
Se encuentran dirigidos sólo para el uso del destinatario al cual van 
enviados. La reproducción, lectura y/o copia se encuentran prohibidas a 
cualquier persona diferente a este y puede ser ilegal. Si usted lo ha 
recibido por error, infórmenos y elimínelo de su correo. Los Datos 
Personales serán tratados conforme a la Ley 1581 de 2012 y a nuestra 
Política de Datos Personales que podrá consultar en la página web 
www.unal.edu.co <http://www.unal.edu.co/>.* *Las opiniones, informaciones, 
conclusiones y cualquier otro tipo de dato contenido en este correo 
electrónico, no relacionados con la actividad de la Universidad Nacional de 
Colombia, se entenderá como personales y de ninguna manera son avaladas por 
la Universidad.
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimerax-users/attachments/20210908/675f02ce/attachment.html>