[chimerax-users] distance between centers of mass using python API

[Eric Pettersen]

Hi Diego,
	Sorry, but that command was supposed to return the distance value but wasn't in all cases.  In tomorrow's daily build it will.

--Eric

> On Sep 8, 2021, at 2:22 AM, Diego Amaya <diaamayaram at unal.edu.co> wrote:
> 
> Hi again Eric.
> 
> sorry, just one more question. How could I catch the value from rc(session,'dist ##name=AA1 ##name=AA2') in a python variable ?
> 
> Thanks in advance.
> 
> 
> El mié, 8 sept 2021 a las 11:07, Diego Amaya (<diaamayaram at unal.edu.co <mailto:diaamayaram at unal.edu.co>>) escribió:
> Hi Eric,
> 
> thank you so much. Your suggestion works like a charm.
> 
> Best regards,
> 
> El mar, 7 sept 2021 a las 20:20, Eric Pettersen (<pett at cgl.ucsf.edu <mailto:pett at cgl.ucsf.edu>>) escribió:
> Hi Diego,
> 	Centroids are created as 'markers' and therefore are referred to in commands in the same way as atoms are.  So specifically, your first 'define' command creates a structure named AA1, with one residue named 'centroid', with one atom named 'cent'.  Therefore this command will create the distance:
> 
> 	dist ##name=AA1 ##name=AA2
> 
> If you have exactly two of these centroids open, then this command will also do it:
> 
> 	dist :centroid
> 
> Therefore, it might be easiest to not even give these centroids names but instead use two 'define' commands followed by 'dist :centroid' and then 'close :centroid'.
> 
> --Eric
> 
> 	Eric Pettersen
> 	UCSF Computer Graphics Lab
> 
> 
>> On Sep 6, 2021, at 10:14 AM, Diego Amaya via ChimeraX-users <chimerax-users at cgl.ucsf.edu <mailto:chimerax-users at cgl.ucsf.edu>> wrote:
>> 
>> Hello,
>> 
>> I'm trying to compute the distance between the centers of mass of two residues using the python API. I tried two different ways :
>> 
>> 1. 
>> rc(session, 'define centroid :43 massWeighting  true name AA1')
>> rc(session, 'define centroid :35 massWeighting  true name AA2')
>> rc(session, 'distance AA1 AA2') 
>> 
>> 2.
>> rc(session, ' measure center :43 mark true name AA1')
>> rc(session, 'measure center :35 mark true name AA2')
>> rc(session, 'distance AA1 AA2')
>> 
>> But I get this error in the third line in both cases : 
>> chimerax.core.errors.UserError: Missing or invalid "objects" argument: invalid objects specifier 
>> 
>> What is wrong ?
>> 
>> Thanks in advance.
>> -- 
>> Diego A. Amaya Ramírez
>> 
>> Aviso legal: El contenido de este mensaje y los archivos adjuntos son confidenciales y de uso exclusivo de la Universidad Nacional de Colombia. Se encuentran dirigidos sólo para el uso del destinatario al cual van enviados. La reproducción, lectura y/o copia se encuentran prohibidas a cualquier persona diferente a este y puede ser ilegal. Si usted lo ha recibido por error, infórmenos y elimínelo de su correo. Los Datos Personales serán tratados conforme a la Ley 1581 de 2012 y a nuestra Política de Datos Personales que podrá consultar en la página web www.unal.edu.co <http://www.unal.edu.co/>. Las opiniones, informaciones, conclusiones y cualquier otro tipo de dato contenido en este correo electrónico, no relacionados con la actividad de la Universidad Nacional de Colombia, se entenderá como personales y de ninguna manera son avaladas por la Universidad.
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> Diego A. Amaya Ramírez
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> Diego A. Amaya Ramírez
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